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Diamond功能列表
本列表包含 4.x 版本中的所有功能,以及新版本 5 中新增或显著增强的功能(黄色标注)。关于已添加到 4.x 轻量更新或将添加到 5.x 的功能,请查看左侧的“功能历史……”链接。
  • 32 位 MS Windows 应用程序,具有多文档界面 (MDI)、面向对象菜单、工具栏和本地弹出式菜单。可“同时”处理多个结构。
  • 输入和输出:
  • 专有的二进制Diamond 3/4/5 文档格式(扩展名为 .diamdoc):
    • 支持晶体结构和分子结构(即具有和不具有平移对称性)。
    • 在一个文档中存储多个结构数据集,每个数据集包括:
      • 原子参数
      • 晶胞参数和空间群(可选)
      • 各向异性位移参数
      • 连接参数(键、氢键、非键接触)
      • 化学和文献数据(作者、参考文献、数据库来源等)。
    • 支持在一个结构数据集中有多个结构图。保存自己建立和设计的晶体结构框架。
    • 兼容 Diamond 2 格式(DSF)。
  • 原子、化学键、多面体等的数量仅受内存限制。
  • 手动输入或更新化学、晶体学和文献数据。
  • 自动导入数据格式:
    • 由 ICSD 或 CRYSTMET 创建的 CRYSTIN 下载格式
    • 剑桥晶体结构数据库(CSD)FDAT 格式
    • 布鲁克海文蛋白质数据库(PDB)格式
    • SHELX-93 格式
    • 晶体学信息文件(CIF)
    • XYZ 格式(带直角坐标的格式)
    • SYBYL MOL 和 MOL2 格式
    • Cerius2 (CSSR) 格式
    • MDL MOL 格式
  • 将结构数据导出为:
    • CIF,
    • SCHAKAL,
    • XYZ 格式。
  • POV-Ray 助手可创建具有阴影、反射、纹理、背景图形等效果的逼真场景。
  • 将3D结构图导出为:
    • Wavefront OBJ(外加 MTL 材质定义文件),
    • STL (文本格式),
    • VRML 1 (WRL 文件).
  • 导出结构图的 2D 图形(用于后期处理,例如在文字处理器或图形应用程序中)为:
    • Windows 元文件(WMF,面向矢量),
    • 位图(BMP;宽度、高度和分辨率由用户自定义),
    • GIF、JPG 或 PNG 文件,例如,用于与 HTML 文档链接。
  • 在文档之间剪切、复制或粘贴数据集(以及相关的结构图)。可创建小型 “数据库”。
  • 可在以下范围中搜索化学、晶体学或书目数据:
    • 在选定目录下的选定类型文件中,
    • 在晶体学开放数据库(COD)中,包括美国矿物学家晶体结构数据库(AMCSD) 以及 IUCr 期刊的 CIF 文件(参见 ”www.crystallography.net")。
  • 最常见(无机)结构类型的小型数据库,例如,可从中插入结构数据或现成的结构图。
  • 文件中可配置的结构数据集列表:
    • 表格形式(“结构列表”)
    • 或折叠形式的“结构信息栏”。
  • 用颜色编码区分包含多个结构的文档中的结构数据集。
  • “导航”停靠窗口以树形视图显示所有文档、所有结构数据集和所有图片的标题。
  • [第 5 版] 标题栏(显示当前文档、结构和图片标题)便于切换到其他图片。
  • [第 5 版] “更多图片”停靠窗口以缩略图形式显示当前结构数据集或整个文档的所有图片。
  • 所选数据集或整个文档的结构图缩略图概览。
  • 最新图片列表,包含最近编辑的图片/文档的缩略图。
  • [第 5 版]“拍照”和“从新图片继续”功能可方便地放入图片,以便稍后处理。
  • 数据表可用于以文本形式展示结构数据:
    • 可选紧凑简洁形式或全面综合形式;
    • 或可自定义选择范围和排列顺序。
  • “原子列表”: 结构图中的原子分级列表,可按原子位点和/或原子团或分子分组。
  • 打印选定的数据集、数据表、表格或结构图。通过 Windows 剪贴板复制数据集文本,用于后期处理。
  • 将数据表和表格导出为 HTML 格式。
  • 构图:
  • 自主选择是否使用的助手——可帮助您从头开始创建结构图或修改图片。
  • “图片自动创建器"(Auto Picture Creator)——可在停靠窗口中与结构图并排放置,可交互式更改图片构建、图片设计和观察方向。
  • “构建方案”(Building schemes)(在 Diamond 3 中被称作“自动构建器”),可自动或根据用户定义的策略创建图片。在对大量类似结构进行可视化时非常有用。
  • 进行“晶体”和“分子”结构之间的转换,即添加或删除晶胞和对称信息。
  • 填充单位晶胞、多晶胞、任意晶胞范围或选定中心原子周围的方框或球体。
  • 在屏幕内填充用户定义的矩形区域。
  • 沿平面填充板块(hkl 或最小二乘),或填充在平面和坐标系边界之间的板块。
  • 选择原子构建子晶格(“筛选”)。
  • 在搜索相邻原子和化学键时以及在 “筛选”功能中,支持无序部分。
  • 创建(和讨论)原子环境,可选择原子位置的 Dirichlet 域。
  • 通过直方图显示选定原子类型之间的距离分布,并根据化学键参数对连接性进行讨论,同时自动计算和检查距离范围。
  • 根据连通性自动创建化学键,或通过在每个原子间插入化学键手动创建化学键。
  • 添加原子参数列表和连接参数列表中的所有原子(可选键、氢键、接触)。
  • 从参数列表中生成原子,作为建立复杂框架的初始原子。
  • 完成选定原子周围的配位层。
  • “提升": 在所选原子周围生成多个配位层并逆转(“收缩”)。
  • 自动生成分子或自动生成片段,例如,在被剪的细胞边缘。
  • 定义分子单元(来自原子参数列表)。
  • 从对称等效位置的分子单元生成分子。
  • 在选定的原子或分子附近搜索分子。
  • 创建分子堆积(平行六面体、球体、板块或层)。
  • “生长”和“切割”: 扩大和缩小聚合物或分子片段。
  • 创建 “断裂”键,以显示无限小的链、层或三维框架。在“断裂”键与正常键之间转换。
  • 定义氢键和非键接触连通性。创建氢键和接触。
  • 通过 H 键和/或接触扩展到邻近原子或分子,以建立分子簇和逆转(“还原”)。
  • 使用鼠标滚轮讨论接触球和分子簇的扩展或缩小。
  • 在结构图之间剪切、复制和粘贴结构部分:
    • 可以复制结构图的片段(或整幅图)。
    • 复制的片段可以粘贴到空白结构图或同一数据集中的其他结构图中。
  • 用户可控的构建框架拆除。
  • 多步骤撤消和重做功能(带图片缩略图),使实验能够安全地进行,即使是在高度复杂和未知的结构框架下。
  • 可视化:
  • “设计方案"(一种样式表)包含图片设计和查看设置,可快速方便地应用于其他结构图。
  • 布局模式:
    • 常规/窗口,
    • 用于打印输出,例如 A4 纸大小,白色背景,
    • 创建位图,具有给定的 x 和 y 尺寸以及 dpi 分辨率。
  • 可变缩放系数(增强 Diamond 2 的 “页面视图”模式)。
  • 可为单个或多组原子分配全局或单独的模型(允许在同一张图片中混合使用不同的模型):
    • 球棍(规则),
    • 椭圆形,
    • 空间填充,
    • 棒或线(取决于键半径)。
  • 沿特殊轴线或朝向特殊平面的视图定义。
  • 中央或平行投影、深度提示和立体显示。
  • 逼真的渲染模型,用户可自定义光源和材料属性(OpenGL)。
  • 可改变原子团和原子键的颜色、样式和半径。可对每个原子进行个性化设计。
  • 通过鼠标滚轮改变原子和原子键的半径。
  • 在平面和渲染模式下均可使用类似 ORTEP 的原子样式(椭圆形、八角形)。
  • 可选择片段式和双色键。
  • 可根据位点占用系数调整原子和化学键的透明度。
  • 可选择混合位点成分的随机分布。
  • 给原子和化学键加标签,使用用户自定义文本,可放置在图片的任意位置。
  • 生成配位多面体:
    • 围绕选定基团的中心原子,
    • 或围绕单独选定的原子,由选定的配位原子构建而成,
    • 可选择透明或阴影表面。
  • 增强配位多面体的构建:
    • 通过选择(点击)原子和化学键来分别定义角和边,
    • 删除边,将三角形增加到更高的多边形。
    • 复制和粘贴相同位点原子之间的多面体结构。
  • 通过所选原子定义(透明)晶格平面和(最佳)平面或直线。
  • 为原子添加矢量,例如,用于表示磁矩等。
  • 可选择不同的颜色来显示氧化数、位点占位系数等。
  • 全屏显示(隐藏窗口边框、菜单和工具栏)。
  • 动画:
  • 让结构图动起来:
    • 模式:
      • 沿 x、y 和/或 z 轴旋转、
      • 绘图区域内的水平和/或垂直移动、
      • 多种放大系数选择(从埃米到厘米)、
      • 摄影距离的变化(透视印象)。
    • 控制方式:
      • 鼠标(鼠标速度越快,旋转速度越快)、
      • 键盘(例如每次按键旋转一度)、
      • 数字(通过对话框输入)。
    • 可选的 “旋转”功能,即做加速运动。
    • 连续运动,可中断或继续。
  • “抓取模式": 通过鼠标光标控制原子进行Arcball(二维到三维)旋转。按下鼠标右键进行移动。使用鼠标滚轮改变放大系数。
  • “穿行模式”,摄像机/观察者能够深入结构图并操控视角。
  • 录制器,可帮助创建视频序列,如 AVI 文件或一系列图像。
  • [版本 5]“拍摄照片”可快速将图片保存为二维图像,并将其保存到图像缓冲区中。
  • 根据录制的图片或单张结构图上的动画创建 POV-Ray 图像序列或视频。
  • 探索视图
  • [第 5 版]“探索视图”用于通过距离直方图和邻近原子表,对键、H 键或与邻近原子或分子的接触进行交互式研究。
  • 通过鼠标光标控制即可获得原子的“邻域预览”,可通过鼠标滚轮改变预览球的半径。
  • 粉末图案计算:
    • 衍射参数变化:
      • 辐射类型 X 射线(实验室、同步加速器)、中子、电子,
      • 波长,
      • LP 校正,
      • 2theta 范围,
      • 可选的剖面功能。
    • 衍射图(可配置样式、颜色和线型粗细)。
    • 反射参数表,可放大/缩小和跟踪 2theta 范围。
  • 距离和角度计算(包括标准不确定度):
    • 在可配置的表格中,针对选定的原子类型和相当大的距离范围,
    • 结构图中当前已选定原子的邻域
    • 以柱状图的形式用彩色编码显示距离。
  • 交互式测量距离、角度和扭转角(包括标准不确定度)。
  • 测量扩展几何的特征(包括标准不确定度):
    • 两个平面之间的角度(通过 hkl 或穿过 3 个或更多原子的(最佳)平面)、
    • 两条直线之间的夹角、
    • 平面的法线与直线的夹角、
    • 原子与平面或直线的距离、
    • 原子集合的中心点、
    • 一组原子的平面性或线性(构成原子与平面/直线的距离)。
  • 属性窗格,显示以下信息:
    • 结构图的内容(创建了多少原子、化学键、多面体等)、
    • 当前 “公式总和”,即创建的与原子团相关的原子个数、
    • 结构图或属性窗格上方表格(可选)中所选对象的相关信息,例如参数列表中原子的相关信息、
    • 当前选中对象的表格、
    • 所选原子周围的距离、
    • 所选原子之间的距离、
    • 所选原子的中心(圆心)、
    • 所选原子的平面度或直线度以及原子与该平面或直线的分别的偏差、
    • 分配给参数列表所选原子或所选原子团的原子表、
    • 分配给选定键组(即原子团对)的键表、
    • 所选多面体的配位体、边和面信息、
    • 所选原子位点的 Dirichlet 域、
    • 所选泰森多面体的相邻原子和顶点。
系统要求
安装并运行 Diamond 5.0 或更高版本需要满足以下系统要求:
  • 装有 Microsoft Windows XP、Windows Vista、Windows 7、Windows 8/8.1、Windows 10 或 Windows 11 操作系统的个人电脑。(注:不支持 Windows RT,在 “S 模式”下不支持 Windows 10)。
  • 具有 “x86 ”指令集的Intel或 AMD(或兼容)处理器
  • 1 GB 内存
  • 3.8 GB 可用磁盘空间(使用晶体学开放数据库 COD 时为 12.4 GB)
  • 图形分辨率为 1024 x 768 像素,32,768 色(“高色彩”)或更高(建议 1280 x 800 像素或更高)
  • DVD-ROM 驱动器(用于从 DVD 安装)
  • 微软兼容鼠标
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